故宮收藏的宗教文物有漢傳佛教、藏傳佛教、道教、薩滿教文物四大類。漢傳佛教文物以清宮舊藏的各種佛教經典為主，以及故宮博物院成立后入藏的各類佛教造像。道教文物五百多件存于欽安殿、玄穹寶殿兩處殿堂，供奉道教的神像、供器、法器、經書。薩滿教文物存于坤寧宮西暖閣，有薩滿祭祀儀式所用的神像與道具等幾十件。故宮的道教、薩滿教文物一直在原來的存放的地，文物與古建未脫離，保存了大量的原始信息，具有比一般傳世文物更高的歷史文化價值。藏傳佛教文物占宗教文物總數的百分之九十以上，原存于清宮多處藏傳佛堂，這些文物在佛堂內一切維持原樣，反映了宗教建筑與文物組合的整體空間，藏傳佛教的文物大部分來源于清代蒙藏地區的民族宗教領袖進獻皇帝的珍貴禮物以及內地宮廷所造的佛教藝術精品，其中還包括有不少來自印度、尼泊爾的域外佛教藝術精品。它們顯示了藏傳佛教藝術的輝煌成就，另一方面從歷史的角度反映了清代中央政府與西藏的緊密關系和清朝治理蒙藏邊疆的歷史進程。